Johan Carlson föddes den 6 april 1954 och är en svensk infektionsläkare. Sedan den 1 januari 2014 är Carlson generaldirektör för Folkhälsomyndigheten. Han har därför synts flitigt under coronapandemin, då han närvarade vid flera presskonferenser med statsminister Stefan Löfven. 

Innan sin tid som generaldirektör på Folkhälsomyndigheten var Carlson bland annat generaldirektör på tidigare Smittskyddsinstitutet. 

Carlson är docent i infektionsepidemiologi vid Karolinska institutet och 1993 disputerade han vid Uppsala universitet. Hans doktorsavhandling berörde sjukdomen malaria. 

Carlsson, som är bosatt i Uppsala, har en fru och två vuxna söner.