Ahmed Shafiq har lämnat sin post.
Shafiq uppges ha hoppat av för att förekomma de massdemonstrationer som planerats till fredagen där en stort antal grupper väntades ställa krav på bland annat att Shafiq avgår, skriver AhramOnline.
Den förre transportministern, Essam Sharef, uppges ha utsetts till efterträdare av militären.
Shafiqs avgång kommer knappt tre veckor efter att diktatorn Hosni Mubarak tvingats bort.