Lucas Bergvall och Dejan Kulusevski fick jubla. Hugo Larsson deppade.
Tottenham vann returen i Europa League över Eintracht Frankfurt med 1–0 och är semifinalklart.
Larssons Frankfurt nådde 1–1 i bortamötet förra veckan och hade ett bra utgångsläge inför returen.
Men trots stort spelövertag var det Tottenham som drog längsta strået i en match med tre svenska landslagsspelare på planen.
Tottenhams segermål kom på straff i 43:e minuten genom Dominic Solanke.
Detta sedan hemmamålvakten Kaua Santos gjort ned James Maddison.
Bergvall spelade från start och Kulusevski, som började på bänken, kom in i slutet av första halvlek. Hugo Larsson blev utbytt efter 76 minuter.
Norska Bodø/Glimt tappade sin 2–0-ledning från första matchen till 2–2 borta mot Lazio i Rom. Lagen gjorde var sitt mål i förlängning, men efter straffläggning kunde Bodø/Glimt kvittera ut semifinalbiljetten mot Tottenham.
I den andra semifinalen möts Manchester United och Athletic Bilbao.
