Ronen Bar, chef för den israeliska säkerhetstjänsten Shin Bet, lämnar sin post den 15 juni.
Beskedet kommer efter en utdragen tvist med premiärminister Benjamin Netanyahu som avskedade Ronen Bar i mars, då med motiveringen att han saknade förtroende för sin spionchef.
Beskedet utlöste massprotester och avskedandet behandlades av Högsta domstolen.
Förra veckan gick sedan Bar till attack mot Netanyahu, som han anklagar för att vid flera tillfällen ha krävt att Shin Bet skulle använda sin spioneriapparat mot regeringskritiska demonstranter.
Dessutom ska Netanyahu ha krävt att Bar skulle lyda honom snarare än HD i händelse av en konstitutionell kris.
Att Ronen Bar skulle avgå var känt sedan tidigare, men det var oklart när.
"Efter 35 års tjänstgöring lämnar jag min tjänst den 15 juni så att ett ordnat förfarande för att utse en permanent efterträdare", säger han enligt ett uttalande.
